달을 파괴하고 지구마저 파괴하겠다고 예고한 초생물 · 살생님.
살생님의 암살을 맡게 된 것은 쿠누기가오카 중학교의 열등생 3학년 E반, 일명 'END의 E반'

그런데 어째서인지 E반의 담임이 된 살생님은 상식을 벗어난 지도로 그들을 이끌었고
졸업을 목전에 둔 지금은 E반을 비웃는 사람도 많이 줄어들었다.

그들이 남겨둔 일은 단 하나, 살생님 암살.
그 기한까지 남은 시간은 앞으로 15일.

E반 교실에서는 학생과 살생님이 지난 1년을 되돌아보고 있었다.

예술, 수영, 암살 스킬을 살린 특별활동, 밸런타인데이의 연애 관계,
선생님의 비밀스러운 퇴근 이후의 삶.
저마다의 추억이 교실 한가득 퍼져 나간다.

성장을 이룬 학생들이 다시금 바라보는 '암살교실'에서의 1년.
그들에게 남겨진 마지막 시간에 살생님이 전하는 것은......